ISOSPIN Soil DNA
スピンカラムを用いた土壌からのDNA抽出・精製キット| 品名 | Code No. | 包装単位 | 価格 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| ISOSPIN Soil DNA | 310-09151 | 50回用 | 54,000円 | |
| Lysis Solution BB SP1 | 313-06221 | 50 ml | 3,200円 | オプション補助試薬 |
製造元 （株）ニッポンジーン
表示価格は希望納入価格 (税別) です。
製品説明
ISOSPIN Soil DNA
ISOSPIN Soil DNA（アイソスピン ソイル DNA）は、スピンカラムを用いて土壌からDNAを抽出・精製するためのキットです。
本キットでは、土壌に至適化した抽出液とビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、非火山灰土壌だけでなく黒ボク土（火山灰土壌）からも効率よくDNAを抽出することが可能です。 また、精製工程においては、独自開発したスピンカラムを採用しており、フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用することなく、迅速・簡便にDNAを精製することが可能です。
本品のご使用には、別途 ビーズ式破砕装置（2 ｍlチューブ対応） が必要になります。
Lysis Solution BB SP1
キットのオプションSP1プロトコールに使用する別売品です。
黒ボク土の中でも特にアロフェン質が多い試料からDNAを抽出する場合には、キットに添付のLysis Solution BBの代りにLysis Solution BB SP1を使用することで収量を向上させることができます。
特長
・フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用しない ・自社開発のスピンカラムにより、高い操作性を実現 ・操作時間約45分間～1時間で抽出・精製が可能・ビーズビーティングで強固な細胞壁を有する微生物からもDNA抽出が可能・RNase A の添加により、RNAの混入が少ないDNA溶液が得られる ・土壌から純度の高いDNAが高収量で得られる用途
- 次世代シーケンサーNGSによる土壌菌叢解析
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製品内容
| 構成品 | 容量 | 保存 | 備考（2022.06.02更新） |
|---|---|---|---|
| Lysis Solution BB | 30 ml x 1 | 室温 | |
| Lysis Solution 20S | 5 ml x 1 | 室温 | Lysis Solution 20S中に結晶が析出する場合がありますが、品質、性能に問題はありません。ときおり混和しながら、容器ごと65℃で加温し、結晶を完全に溶解させてからご使用ください。 |
| Lysis Solution A | 5 ml x 1 | 室温 | |
| SE Buffer | 3 ml x 1 | 室温 | |
| SB Buffer | 62 ml x 1 | 室温 | |
| SW Buffer | 36 ml x 1 | 室温 | エタノール含有 |
| TE (pH 8.0) | 5 ml x 1 | 室温 | |
| RNase A (100 mg/ml) | 0.5 ml x 1 | 室温* | * 長期間使用しない場合は冷蔵もしくは冷凍保存（－20℃）してください。 |
| Beads Tube | 50本 x 1 | 室温 | 2 ml 容量のチューブの中にビーズが入っています。 |
| Spin Column | 50本 x 1 | 室温 | 上部パーツ：カラム、下部パーツ：Collection Tube  |
| 構成品 | 容量 | 保存 | 備考 |
|---|---|---|---|
| Lysis Solution BB SP1 | 50 ml x 1 | 室温 | アロフェン質を非常に多く含む土壌からのDNA 抽出用に開発されたオプション製品です。 |
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使用例
実験例
ISOSPIN Soil DNA マニュアルに記載の以下プロトコールに従い、非火山灰土壌と黒ボク土（火山灰土壌）からDNAを抽出しました。
抽出方法
- 標準プロトコール： マニュアルに記載の通り（Lysis Solution 20Sの添加量は100 μl）
- NGS用プロトコール： Lysis Solution 20Sの添加量を10 μlに変更
- 標準プロトコール（SP1）： 標準プロトコールで、Lysis Solution BBの代わりにLysis Solution BB SP1を使用
- NGS用プロトコール（SP1）： NGSプロトコールで、Lysis Solution BBの代わりにLysis Solution BB SP1を使用
Data 1 土壌サンプルからのDNA抽出（電気泳動結果と吸光度データ）
電気泳動結果
0.5ｇの土壌からDNA抽出を行い、吸光度測定により収量を算出したあと、200 ngのDNAを電気泳動に供しました。
結果、ビーズ破砕しているのである程度のせん断は免れませんが、NGSプロトコールよりも標準プロトコールの方が、せん断の少ないDNAを抽出することができました。
吸光度データ
結果
標準プロトコールの場合、いずれの土壌からもDNAを抽出することができました。オプションSP1の使用は、非火山灰土壌からのDNA抽出には適しませんが、黒ボク土からDNAを抽出する際には収量の向上がみられました。
Data 2 土壌DNAのPCR検出
本キットを用いて非火山灰土壌と黒ボク土（火山灰土壌）から抽出したDNAを鋳型に、16S rRNA遺伝子の27F-1492R領域をPCR で増幅させました。
結果
標準プロトコールおよびNGS用プロトコールで抽出したDNAは、PCR検出に使用できました。
Data 3 NGSを用いた土壌細菌叢解析
オートクレーブ処理した土壌サンプル（非火山灰土壌、黒ボク土）に製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）の菌体カクテル（Cell-Mock-001）を添加し、本キットの各プロトコールでDNAを抽出し、16S rRNA遺伝子（V3V4領域）をNGS解析して比較しました。
Bacillus subtilis subsp. subtilis 
Bifidobacterium pseudocatenulatum 
Clostridium butyricum 
Corynebacterium striatum 
Cutibacterium acnes subsp. acnes 
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii 
Staphylococcus epidermidis 
Streptococcus mutans 
Acinetobacter radioresistens 
Bacteroides uniformis 
Enterocloster clostridioformis 
Comamonas terrigena 
Escherichia coli (K-12株) 
Parabacteroides distasonis 
Pseudomonas putida
※ 「参照1」（V3V4領域解析結果、NBRC）と「参照2」（理論値、NBRC）は、菌体カクテル（Cell-Mock-001）に添付のデータシートに記載された割合です（参考値）。
結果
NGS用プロトコールで抽出したDNAの解析データは、NBRCが示す参考値と近い結果が得られました。
また、黒ボク土においては、他社キット(A, B, C)で抽出したDNAでV3V4領域がPCRで増幅できなかったのに対して、本キットのNGSプロトコールでオプションのLysis Solution BB SP1（別売）を使用することで非火山灰土壌とほぼ同様の結果が得られました。
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Q & A
- Lysis Solution BB と オプション溶液 Lysis Solution BB SP1 のどちらを使用すればよいか？
- キット構成品の Lysis Solution BB は、日本の様々なタイプの土壌からDNAを収率よく抽出できることを確認した、バランスの良い組成になっています。
一方、オプション溶液（別売り）の Lysis Solution BB SP1 は、アロフェン質を非常に多く含む土壌サンプル用に開発されました。そのため、アロフェン質が少ない土壌サンプルの場合、キット品と比べてDNAの収率は低くなります。
したがいまして、初回はキット構成品を用いてDNA抽出を行うことをお勧めします。明らかに火山灰が多く含まれているような土壌サンプルの場合はオプション溶液を用いることで、収率が上がる可能性があります。 - ビーズ破砕装置はどのようなものを使用すればよいですか？ボルテックスミキサーは使用できますか？
- ボルテックスミキサーを使用した場合、製品添付のチューブ内にあるビーズとサンプルと試薬が十分に撹拌されず、本製品の性能が得られない可能性があります。そのため、ボルテックスミキサーの使用は推奨しておりません。
2.0 mlチューブを収容可能で、破砕条件（4～6 m/秒間または4,200～6,800 rpmで30～45 秒間）に対応できるビーズ式破砕装置をご使用ください。条件を満たすことを確認しているビーズ式破砕装置は以下になります。ただし、弊社では確認していない装置もありますので、ご了承ください。
- マルチビーズショッカー 多検体細胞破砕機（安井器械株式会社）
- ビーズ式細胞破砕装置 MS-100（株式会社トミー精工）
- FastPrep FP100A Instrument（MP-Biomedicals（Q-Biogene））
- FastPrep-24（MP-Biomedicals（Q-Biogene））
- Mini-BeadBeater（BioSpec）
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資料 Data Sheet
製品マニュアル
［仕様変更のご案内］
ISOSPIN Soil DNA に関しまして、2022年6月出荷分より下記の通り仕様を変更いたします。
・ SE Buffer 2.5 mL → 3 mL
・ SW Buffer 30 mL → 36 mL
・ 製品説明書 第1版 → 第2版
※その他の構成品容量、キットの使用可能回数、価格につきましては変更ございません。
（2022年6月2日掲載：第2版）
SDS(Safety Data Sheet)
リーフレット
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関連情報
License
- 本品は、東京大学TLOが所有する特許のライセンスを受けて製造販売しております。
備考
- 本品は、試験研究用試薬ですので、医薬品、その他の目的にはご使用になれません。
関連製品
- Collection Tube（コレクションチューブの単品パッケージ）
- ISOSPIN Fecal DNA （糞便からのDNA抽出）
- ISOSPIN PCR Product （PCR産物の精製）
- ISOSPIN Plasmid （大腸菌からのプラスミド抽出）
- ISOSPIN Agarose Gel （アガロースゲルからのDNA精製）
- ISOSPIN Blood & Plasma DNA （血液、血清、血漿からのDNA抽出）
- ISOSPIN Plant RNA （植物組織からのRNA抽出）
- ISOSPIN Cell & Tissue RNA （動物細胞、動物組織用からのRNA 抽出）
問い合わせ先
- 購入に関するお問い合わせ先
- 富士フイルム和光純薬株式会社および同社代理店・特約店
- 富士フイルム和光純薬株式会社 製品検索サイト
- 製品に関するお問い合わせ先
- 株式会社ニッポンジーン 学術営業課
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