ISOSPIN Fecal DNA

スピンカラムを用いた糞便からのDNA抽出・精製キット
品名 Code No. 包装単位 価格 備考
ISOSPIN Fecal DNA 315-08621 50回用 48,000円  

製造元 (株)ニッポンジーン

表示価格は希望納入価格 (税別) です。

製品説明

ISOSPIN Fecal DNA
ISOSPIN Fecal DNA 50回用

isospin
自社開発のスピンカラム

ISOSPIN Fecal DNA(アイソスピン フィーカル ディーエヌエー)は、スピンカラムを用いて糞便からDNAを抽出・精製するためのキットです。

糞便に至適化した抽出液とビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、強固な細胞壁を有する微生物からもDNAを抽出することが可能です。 また、精製工程においては、独自開発したスピンカラムを採用しており、フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用することなく、迅速・簡便にDNAを精製することが可能です。

本品のご使用には、別途 ビーズ式破砕装置(2 mlチューブ対応) が必要になります。

特長

・フェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用しない ・自社開発のスピンカラムにより、高い操作性を実現 ・操作時間約30分間~1時間で抽出・精製が可能・ビーズビーティングで強固な細胞壁を有する微生物からもDNA抽出が可能・RNase A の添加により、RNAの混入が少ないDNA溶液が得られる ・糞便から純度の高いDNAが高収量で得られる

260/230比が高く、吸光度測定結果に基づいて算出されるDNA濃度の信頼性も高いです。

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製品内容

 

ISOSPIN Fecal DNA (50回用)
構成品 容量 保存 備考
FE1 Buffer 35 ml x 1 室温 FE1 Buffer中に白い結晶が析出する場合がありますが、品質、性能に問題はありません。ときおり混和しながら、容器ごと37~65℃で加温し、結晶を完全に溶解させてからご使用ください。
FE2 Buffer 4.5 ml x 1 室温  
FB Buffer 40 ml x 1 室温  
FW Buffer 40 ml x 1 室温  
TE (pH 8.0) 5 ml x 1 室温  
RNase A (100 mg/ml) 0.5 ml x 1 室温* * 長期間使用しない場合は冷蔵もしくは冷凍保存(-20℃)してください。
Beads Tube 50本 x 1 室温 2 ml 容量のチューブの中にビーズが入っています。
Beads Tube
Spin Column 50本 x 1 室温 上部パーツ:カラム、下部パーツ:Collection Tube
Spin Column

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使用例

標準プロトコールは、ビーズビーティングによる物理的な破砕の併用によって、強固な細胞壁を有する微生物からもDNAを抽出することが可能です。なお、DNAの物理的な剪断を避けたい場合には、ビーズビーティングを行わない熱処理法による抽出プロトコールをお試しください。

プロトコル

Data 1: ヒト糞便DNA溶液のアガロースゲル電気泳動結果と吸収スペクトル

電気泳動図

スペクトル

本キットを用いて、0.2 gのヒト糞便サンプルからDNA溶液を得た。吸光度測定値に基づいて定量した 200 ngのサンプルを電気泳動した。

左図:電気泳動像(1% Agarose S/TAEゲル)
右図:吸光スペクトル

結果

ヒト糞便サンプルから、標準プロトコール(Beads Beat法)と熱処理法によるプロトコールの両方法で高品質なDNA溶液を得ることができた。


Data 2: リアルタイムPCR法によるBifidobacterium属の検出

比較データ
増幅曲線

本品およびA社、B社の糞便DNA抽出キットを用いて、0.2 gのヒト糞便からDNA溶液を得た。
吸光度測定結果に基づいて定量した5 ngのDNAを鋳型に Bifidobacterium 属を検出するプライマーとプローブ、リアルタイムPCR試薬DirectAce qPCR Mix plus ROX Tubeを用いて Ct 値を比較した。

結果

ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAを用いた場合、A社およびB社の糞便DNA抽出キットで得られたDNA溶液よりも低い Ct 値を示した。このことから、ISOSPIN Fecal DNA は、ヒト糞便中の Bifidobacterium 属のようなグラム陽性菌からも効率的にDNAを得ることが可能であると示唆された。


Data 3: 各種キットとの比較データ

各社キットを使用し、糞便からDNAを抽出後、吸光度にてDNAの収量を比較した。糞便のサンプル量は各社キットのプロトコールに従った。

① 糞便からのDNA収量 比較データ
メーカー 糞便量 DNA収量 糞便1mgあたりのDNA収量
ISOSPIN Fecal DNA (Beads Beat法) 200 mg 24.27 µg 0.121 µg/mg
ISOSPIN Fecal DNA (熱処理法) 200 mg 25.26 µg 0.126 µg/mg
A社キット 250 mg 2.42 µg 0.010 µg/mg
B社キット 200 mg 8.46 µg 0.042 µg/mg
C社キット 500 mg 23.33 µg 0.047 µg/mg

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)は他社キットと比較して高いDNA収量が得られた。


② 各種キットで抽出した糞便DNAの電気泳動像比較

比較データ
各種キットで抽出した糞便DNAの電気泳動像比較(1% Agarose S/TAE)

各社キットで抽出したDNAを、吸光度測定結果に基づいて 200 ngに揃えた後、電気泳動を行った。

M: OneSTEP Marker 6 (Lambda/StyI digest)
①:ISOSPIN Fecal DNA(Beads Beat法標準プロトコール)
②:ISOSPIN Fecal DNA(熱処理法によるプロトコール)
③:A社キット
④:B社キット
⑤:C社キット

結果  ISOSPIN Fecal DNA(本品)は、他社キットよりもシグナル強度の強いバンドが検出された。
他社キットはDNA以外の不純物が吸光度に影響を与えていると考えられ、本品はより純度の高いDNAが得られていることが示唆された。

③ 各種キットで抽出した糞便DNAの吸光度比較

各社キットで抽出したDNAの吸光度の平均値(n=3)を算出し、260 nmのAbsを1に揃えて比較した。

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)は、他社キットと比較して高純度のDNAが得られた。


Data 4: 医薬健栄研プロトコルと本キットとの比較

※ 本実験データは、国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 ワクチンマテリアルプロジェクト 國澤 純 先生、細見 晃司 先生 からご提供いただきました。 以降、国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 様を「医薬健栄研」と略して記載しています。(参考文献 1

① 糞便からの細菌叢の解析

ヒト6名分の糞便サンプルをテクノスルガ・ラボ社の採便キットを用いて採取し、ボルテックスでよく混和した。懸濁液(保存液に浸した糞便) 0.2 ml (0.03-0.1 g/ml)から、医薬健栄研プロトコル(ビーズ破砕・自動核酸抽出)もしくは本キット(ISOSPIN Fecal DNA)標準プロトコルでDNAを調製し、16S rRNA のV3-V4領域をイルミナ社Miseq でシーケンスした。属レベルで細菌叢解析を行い、割合が多い上位30菌種をグラフにまとめた。

結果 ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAと医薬健栄研プロトコールで抽出したDNAで高い相関があることが示唆された。

② 唾液からの細菌叢の解析

ヒト12名分の唾液サンプルを採取した。唾液サンプル 0.2 ml から、医薬健栄研プロトコル(ビーズ破砕・自動核酸抽出)もしくは本キット(ISOSPIN Fecal DNA)標準プロトコルでDNAを調製した。それぞれの方法で抽出したDNAをイルミナ社Miseq でシーケンスし、細菌叢解析を行った。



結果
  同じ被験者からのサンプルは、同じクラスターに分類された。唾液サンプルの場合でも、ISOSPIN Fecal DNA(本品)で抽出したDNAと医薬健栄研プロトコールで抽出したDNAで高い相関があることが示唆された。

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資料 Data Sheet

製品マニュアル

SDS(Safety Data Sheet)

リーフレット

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関連情報

参考文献

  1. K Hosomi, H Ohno, H Murakami, Y Natsume-Kitatani, K Tanisawa, S Hirata, H Suzuki, T Nagatake, T Nishino, K Mizuguchi, M Miyachi and J Kunisawa: Method for preparing DNA from feces in guanidine thiocyanate solution affects 16S rRNA-based profiling of human microbiota diversity. Sci. Rep., 7, 4339 (2017)

備考

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問い合わせ先

購入に関するお問い合わせ先
富士フイルム和光純薬株式会社および同社代理店・特約店
製品に関するお問い合わせ先
株式会社ニッポンジーン 学術営業課

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