ISOSPIN Soil DNA 詳細マニュアル(第3版、P8)に、液体試料からのDNA抽出プロトコールを追加しました。
液体サンプルとして、製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター(NBRC)の菌体カクテル(Cell-Mock-001)10 µLに蒸留水(DW) 490 µLを添加し、本キットの「液体サンプルからのDNA抽出用プロトコール」と各抽出キットでDNAを抽出し、16S rRNA遺伝子(V3V4領域)をNGS解析して比較しました。
Bacillus subtilis subsp. subtilis
Bifidobacterium pseudocatenulatum
Clostridium butyricum
Corynebacterium striatum
Cutibacterium acnes subsp. acnes
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii
Staphylococcus epidermidis
Streptococcus mutans
Acinetobacter radioresistens
Bacteroides uniformis
Enterocloster clostridioformis
Comamonas terrigena
Escherichia coli (K-12株)
Parabacteroides distasonis
Pseudomonas putida
※ 参考値(NBRC)は、菌体カクテル(Cell-Mock-001)に添付のデータシートに記載された割合です(理論値)。
ISOSPIN Soil DNAを用いて、液体試料からNGS解析に使用できるDNAを抽出することができました。
2025年4月掲載
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