DGGE Marker

DGGE（変性剤濃度勾配ゲル電気移動）用DNAマーカー

品名	Code No.	包装単位	価格
DGGE Marker I (5 fragments)	314-06413	150 µl (30回用)	16,000円
DGGE Marker I (5 fragments)	312-06414	150 µl x 5 (150回用)	56,000円
DGGE Marker II (10 fragments)	317-06403	150 µl (30回用)	20,000円
DGGE Marker II (10 fragments)	315-06404	150 µl x 5 (150回用)	70,000円
DGGE Marker III (10 fragments)	311-06923	150 µl (30回用)	20,000円
DGGE Marker III (10 fragments)	319-06924	150 µl x 5 (150回用)	70,000円
DGGE Marker IV (8 fragments)	318-06933	150 µl (30回用)	15,500円
DGGE Marker IV (8 fragments)	316-06934	150 µl x 5 (150回用)	54,500円
DGGE Marker V (9 fragments)	315-06943	150 µl (30回用)	16,000円
DGGE Marker V (9 fragments)	313-06944	150 µl x 5 (150回用)	56,000円

製造元 (株)ニッポンジーン

表示価格は希望納入価格 (税別) です。

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使用例
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製品説明

本品は、DGGE（変性剤濃度勾配ゲル電気泳動用）のDNA マーカーです。各フラグメントの片方の末端にはGC クランプが付加されており、DGGE で分離・検出することができます。DGGE 条件（変性剤濃度，ゲル濃度，電圧など）に適したものを I ～ V から選択して使用します。各マーカーを使用する最適条件は使用例をご参照下さい。

特長

・他のDGGE解析結果とのデータ比較が可能・変性剤濃度勾配の具合など、DGGE解析用ゲルの評価が可能・DGGE解析そのものの評価が可能

形状	10 mmol/l Tris-HCl(pH 8.0),10 mmol/l EDTA(pH 8.0), 0.025%(w/v) Bromophenol Blue, 35%(v/v) Glycerol
濃度（概要）	DGGE Marker I：50 ng/5 µl （細菌16S rDNA 用） DGGE Marker II：100 ng/5 µl （細菌16S rDNA 用） DGGE Marker III：100 ng/5 µl （細菌16S rDNA 用） DGGE Marker IV：80 ng/5 µl （糸状菌18S rDNA 用） DGGE Marker V：90 ng/5 µl （線虫18S rDNA 用）
使用方法	1レーンにつき5 µl使用する（本品にはLoading Buffer があらかじめ添加されているので、ゲルにそのままアプライすることができる）。検出はSYBR™ Gold、SYBR™Green I または臭化エチジウムで行う。

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製品内容

使用回数

包装単位は1回あたり5 µlを使用した場合の回数です。

DGGE Marker (30 回用)
構成品	容量	保存	備考
DGGE Marker	150 μl x 1本	-20°C

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使用例

実験例1　SYBR™ Goldによる検出

本品5µl を下表の条件で泳動し、SYBR™ Gold で検出した。装置はD-Code システム（BIO-RAD）を使用した。

	DGGE Marker I	DGGE Marker II	DGGE Marker III	DGGE Marker IV	DGGE Marker V

フラグメント数	5 本	10 本	10 本	8 本	9 本
濃度	50 ng/ 5µl	100 ng/ 5µl	100 ng/ 5µl）	80 ng/ 5µl	90 ng/ 5µl
概要	細菌16S rDNA 用	細菌16S rDNA 用	細菌16S rDNA 用	糸状菌18S rDNA 用	線虫18S rDNA 用
アクリルアミドゲル濃度	8 ％	8 ％	6 ％	7 ％	6 ％
変性剤濃度	35 → 65 ％	35 → 65 ％	50 → 70 ％	20 → 45 ％	20 → 50 ％
定電圧	120 V	120 V	50 V	50 V	75 V
泳動時間	8 時間	8 時間	18 時間	20 時間	16 時間
温度	60°C	60°C	58°C	60°C	60°C
使用上の注意	DGGE Markerの泳動パターンは、電圧や泳動時間、温度、変性剤やアクリルアミドの濃度など、泳動条件によって異なる場合があります。注） DGGE Marker I , II は、使用例の泳動条件においてほぼ等間隔に分離するよう設計されています。その他の条件では分離・検出できない場合があります（詳細はQ & Aをご覧ください）。注） DGGE Marker III は、泳動条件によって fragment 3 と fragment 4 の間にエキストラバンドが出現する場合があります。

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Q & A

DGGE Marker I , II は使用例の泳動条件においてほぼ等間隔に分離するよう設計されていますが、各Fragmentに対応する変性剤濃度の目安を教えて下さい。

DGGE Marker I および II の各Fragmentに対する変性剤濃度の目安は下記になります。

	Lane 1	Lane 2
Fragment	DGGE Marker I	DGGE Marker II
1	40%～41%	40%～41%
2		41.5%～42.5%
3	42.5%～43.5%	42.5%～43.5%
4		44%～45%
5	46%～48%	46%～48%
6		47.5%～49%
7	49%～52%	49%～52%
8		52%～53%
9	53%～54%	53%～54%
10		54%～55%
本品5 µlを、変性剤濃度35-65%の8%アクリルアミドゲルを用いて、120Vの定電圧で8時間、60°Cで泳動し、SYBR™ Goldで検出した。

Fragmentの分離パターンがカタログ（使用例）と異なります。

DGGE Markerの泳動パターンは、電圧や泳動時間、温度、変性剤やアクリルアミドの濃度など、泳動条件によって異なる場合があります。下記に変性剤濃度の違いによるFragmentの分離パターンを検討しておりますので、ご参照下さい。
詳細はこちら (DGGE Marker I と DGGE Marker II の例)

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