Agarose S

スタンダードタイプ

バンド移動距離に対するAgarose濃度の影響

0.5%, 1%, 2%濃度のAgarose Sを用いて分子量マーカーを泳動し、バンド移動距離に対するAgarose濃度の影響を調べた。電気泳動条件として100Vの電圧で泳動時間はBPBがゲルの2/3に達するまで泳動を行った。サンプルは下記のマーカーを左順からレーン1として各5 μlずつ泳動した。

サンプル

左順から
レーン1：OneSTEP Ladder 1 kb
レーン2：OneSTEP Ladder 500
レーン3：OneSTEP Ladder 100
レーン4：Smart Ladder
レーン5：OneSTEP Marker 1 (λ/Hind III digest)
レーン6：OneSTEP Marker 6 (λ/Sty I digest)
レーン7：OneSTEP Marker 4 (φX174/Hae III digest)
レーン8：OneSTEP Marker 5 (φX174/Hinc II digest )

0.5% Agarose S
1% Agarose S
2% Agarose S
agarose-s_1% agarose-s_2%
レーン
1
2
3
4
5
6
7
8
塩基対
（kbp）
10.0
9.0
8.0
7.0
6.0
5.0
4.0
3.0
2.0
1.0
5.0
4.5
4.0
3.5
3.0
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
2.0
1.8
1.6
1.4
1.2
1.0
0.9
0.8
0.7
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
10.0
8.0
6.0
5.0
4.0
3.0
2.5
2.0
1.5
1.0
0.8
0.6
0.4
0.2
23.1
9.4
6.6
4.4
2.3
2.0
0.6
0.1
19.3
7.7
6.2
4.3
3.5
2.7
1.9
1.5
0.9
0.4
0.07
1.35 1.08 0.87 0.60 0.31 0.28 0.27 0.23 0.19 0.12 0.07
1.057 0.770 0.612 0.495 0.392 0.345 0.341 0.335 0.297 0.291 0.210 0.162 0.079

 

＜結果＞

以上の結果より、バンド移動距離におけるアガロース濃度の目安は以下のようになる。
1 kbp以上のDNAを分離したい場合は1% Agarose Sを、1 kbp未満のDNAを分離したい場合は2% Agarose Sをおすすめする。0.8 %よりも低い濃度のゲルを作成したい場合は、高強度タイプのAgarose Hを使用する。2% よりも高濃度のゲルを作成したい場合は、低分子核酸分離用のAgarose 21を使用する。

Agarose S（%）
分離範囲
0.5 700 bp ～ 25 kb
1.0 250 bp ～ 12 kb
2.0 100 bp ～ 3 kb

 

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