スキムミルクを用いたISOIL for Beads Beating改変プロトコル

　このプロトコルは、Lysis Solution BBにスキムミルクを40 mg-スキムミルク/g-soilの濃度となるように添加して抽出するプロトコルです。スキムミルクプロトコル用にスキムミルク入りのLysis Solution BBを調製する以外は、標準プロトコルと同じです。Lysis Solution BB SP1と同様にアロフェン質の多いサンプルに有効です。

参考 : Y.Takada-Hoshino and N.Matsumoto : Microbes Environ., 19, 13-19 (2004)

スキムミルクプロトコル用Lysis Solution BBの調製

  1. Lysis Solution BBまたはLysis Solution BB SP1(950 µl×サンプル数)を65°Cに温めておく
  2. スキムミルク(20mg×サンプル数)を測り取り、適切なチューブに入れる
  3. あらかじめ65°Cに温めておいたLysis Solution BBまたはLysis Solution BB SP1(950 µl×サンプル数)を加えよく混合する

　上記手順で作成したスキムミルクプロトコル用Lysis Solution BBおよびLysis Solution BB SP1をLysis Solution BB、Lysis Solution BB SP1の代りに使用し、その他の部分は通常通りのプロトコルで抽出操作を行います。

Data

東北大学 森林土壌
(非アロフェン質黒ボク土)		 東京大学弥生圃場 対照区土壌
(アロフェン質黒ボク土)
アロフェン　少		 東京大学田無農場 牧草地土壌
(アロフェン質黒ボク土)
アロフェン　多		 茨城県つくば市 畑土壌
(アロフェン質黒ボク土)
アロフェン　多		 埼玉農試畑土壌
(灰色低地土)		 五島列島畑土壌
(細粒質赤色土)
どれでもそこそこ取れている どれでも大量に取れている 通常のISOIL BBではバンドが見えない、ISOIL BB+SP1だとそれなりに取れる、スキムミルクプロトコルでは大量に取れる 通常のISOIL BBではバンドが見えない、ISOIL BB+SP1でもバンドは薄い、スキムミルクプロトコルではそれなりに取れる BB SP1、BB SP1+スキムミルクでは収量が少ない BB SP1、BB SP1+スキムミルクでは収量が少ない
M : OneSTEP Marker 1(λ/Hind III)
1 : ISOIL for Beads Beating(Lysis Solution BB)
2 : ISOIL for Beads Beating(Lysis Solution BB SP1)
3 : ISOIL for Beads Beating(Lysis Solution BB+スキムミルクプロトコル)
4 : ISOIL for Beads Beating(Lysis Solution BB SP1+スキムミルクプロトコル)

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