ISOHAIRを用いた口腔粘膜からのDNA抽出
(1)要約
ISOHAIRを用いて口腔粘膜よりゲノムDNAを抽出し、得られたDNAを鋳型としてPCRにてp53遺伝子(Exon 10 ;279bp)の増幅を行った。
(2)操作
(2)-1 : DNAの抽出
[試料]
- 毛髪 : 毛根部1cm×3本
- 爪 : 1mm角×2個
-
- 口腔粘膜(1)
- 頬の内側に綿棒をあて、回転させるようにして15秒ほど軽くこすって採取後、1×PBS 300µl に綿棒を入れて懸濁後、遠心(10,000rpm,
5min.)し、ピペットマンにて、上清を除いた沈殿。(肉眼で確認可能)
- 口腔粘膜(2)
- 頬の内側に綿棒をあて、回転させるようにして15秒ほど軽くこすって採取後、ISOHAIR のExtraction Buffer 200µlに直接綿棒を入れて懸濁したもの。
- ネガティブコントロール : 綿棒(1)
- 綿棒を1×PBS 300µl に懸濁後、遠心(10,000rpm, 5min.)しピペットマンにて、上清を除いた沈殿。
- ネガティブコントロール : 綿棒(2)
- 綿棒をExtraction Buffer 200µlに直接綿棒を入れて懸濁したもの。
[抽出方法]
試料
↓←Extraction Buffer 200µl*1
↓←Enzyme Solution 5µl
↓←Lysis Solution8µl
↓混合
↓インキュベート 55°C , 20分間
↓←Enzyme Solution 5µl
↓混合
↓インキュベート 55°C , 10分間
↓←フェノール/クロロホルム/(1:1) 200µl
↓転倒混合,5分間
↓遠心分離(11K×g , 室温 , 5分間)
水相(200µl)*2
↓←3M Sodium Acetate (pH5.2) 20µl
↓←Ethachinmate 2µl
↓混合
↓←エタノール 400µl
↓遠心分離(11K×g , 室温 , 15分間)
沈殿
↓70%エタノール洗浄
↓乾燥
↓←TE(pH8.0) 20µl
DNA溶液
*1 : 口腔粘膜(2)および綿棒(2)は綿棒が溶液を吸収してしまう為、約100µl程減少した。
*2 : 口腔粘膜(2)および綿棒(2)は液量が少ない為、水相85µlにTE 115µlを加えTotal 200µlとした。
(2)-2 : PCR
上記方法にて抽出したDNAを鋳型としてp53遺伝子(Exon 10 ;279bp)をPCRにて増幅した。
[PCR混合液]
| Template DNA |
2µl |
| 10×Gene Taq Universal Buffer |
5µl |
| dNTP mixture (2.5mM each) |
4µl |
| Primer-forward (20pmol/µl) |
1µl |
| Primer-reverse (20pmol/µl) |
1µl |
| Gene Taq NT (5units/µl) |
0.5µl |
| H2O |
36.5µl |
| Total |
50µl |
[PCR条件]
| 94°C |
1分間 |
| 94°C |
30秒間 |
35サイクル |
| 55°C |
30秒間 |
| 72°C |
1分間 |
| 72°C |
5分間 |
(3)結果
(3)-1 : ISOHAIRを用いて毛髪(毛根部)、爪、口腔粘膜より得られたDNA溶液の1/4量をアガロースゲル電気泳動にて泳動した。
写真1 : ISOHAIRにて抽出したゲノムDNAのアガロースゲル電気泳動(Gel:0.8% Agarose S , Buffer:1×TAE
Buffer , EtBr染色)
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- レーン1 : Marker 1(λ/Hind III digest) 0.2µg
- レーン2 : 毛髪 (毛根部1cm×3本)
- レーン3 : 爪 (1mm角×2個)
- レーン4 : 口腔粘膜(1)
- レーン5 : 口腔粘膜(2)
- レーン6 : 綿棒(1)
- レーン7 : 綿棒(2)
- レーン8 : ネガティブコントロール
- レーン9 : Marker 1(λ/Hind III digest) 0.2µg
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(3)-2 : ISOHAIRを用いて毛髪(毛根部)、爪、口腔粘膜より得られたDNA溶液の1/10量を使用し、ヒトp53遺伝子(Exon
10 ;279bp)をPCRにて増幅したものをアガロースゲル電気泳動にて泳動した。
写真2 : PCRにて増幅したp53遺伝子のアガロースゲル電気泳動(Gel:3% Agarose 21 , Buffer:1×TAE
Buffer , EtBr染色)
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- レーン1 : Marker 5(φX174/Hinc II digest)
0.1µg
- レーン2 : 毛髪
- レーン3 : 爪
- レーン4 : 口腔粘膜(1)
- レーン5 : 口腔粘膜(2)
- レーン6 : 綿棒(1)
- レーン7 : 綿棒(2)
- レーン8 : ネガティブコントロール
- レーン1 : Marker 5(φX174/Hinc II digest)
0.1µg
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