ISOHAIRを用いた口腔粘膜からのDNA抽出


(1)要約

 ISOHAIRを用いて口腔粘膜よりゲノムDNAを抽出し、得られたDNAを鋳型としてPCRにてp53遺伝子(Exon 10 ;279bp)の増幅を行った。

(2)操作

(2)-1 : DNAの抽出

[試料]

[抽出方法]

試料
↓←Extraction Buffer 200µl*1
↓←Enzyme Solution 5µl
↓←Lysis Solution8µl
↓混合
↓インキュベート 55°C , 20分間
↓←Enzyme Solution 5µl
↓混合
↓インキュベート 55°C , 10分間
↓←フェノール/クロロホルム/(1:1) 200µl
↓転倒混合,5分間
↓遠心分離(11K×g , 室温 , 5分間)
水相(200µl)*2
↓←3M Sodium Acetate (pH5.2) 20µl
↓←Ethachinmate 2µl
↓混合
↓←エタノール 400µl
↓遠心分離(11K×g , 室温 , 15分間)
沈殿
↓70%エタノール洗浄
↓乾燥
↓←TE(pH8.0) 20µl
DNA溶液

*1 : 口腔粘膜(2)および綿棒(2)は綿棒が溶液を吸収してしまう為、約100µl程減少した。
*2 : 口腔粘膜(2)および綿棒(2)は液量が少ない為、水相85µlにTE 115µlを加えTotal 200µlとした。

(2)-2 : PCR

 上記方法にて抽出したDNAを鋳型としてp53遺伝子(Exon 10 ;279bp)をPCRにて増幅した。

[PCR混合液]
Template DNA 2µl
10×Gene Taq Universal Buffer 5µl
dNTP mixture (2.5mM each) 4µl
Primer-forward (20pmol/µl) 1µl
Primer-reverse (20pmol/µl) 1µl
Gene Taq NT (5units/µl) 0.5µl
H2O 36.5µl
Total 50µl

[PCR条件]
94°C 1分間
94°C 30秒間 35サイクル
55°C 30秒間
72°C 1分間
72°C 5分間

(3)結果

(3)-1 : ISOHAIRを用いて毛髪(毛根部)、爪、口腔粘膜より得られたDNA溶液の1/4量をアガロースゲル電気泳動にて泳動した。

写真1 : ISOHAIRにて抽出したゲノムDNAのアガロースゲル電気泳動(Gel:0.8% Agarose S , Buffer:1×TAE Buffer , EtBr染色)
抽出DNAの電気泳動
  • レーン1 : Marker 1(λ/Hind III digest) 0.2µg
  • レーン2 : 毛髪 (毛根部1cm×3本)
  • レーン3 : 爪 (1mm角×2個)
  • レーン4 : 口腔粘膜(1)
  • レーン5 : 口腔粘膜(2)
  • レーン6 : 綿棒(1)
  • レーン7 : 綿棒(2)
  • レーン8 : ネガティブコントロール
  • レーン9 : Marker 1(λ/Hind III digest) 0.2µg

(3)-2 : ISOHAIRを用いて毛髪(毛根部)、爪、口腔粘膜より得られたDNA溶液の1/10量を使用し、ヒトp53遺伝子(Exon 10 ;279bp)をPCRにて増幅したものをアガロースゲル電気泳動にて泳動した。

写真2 : PCRにて増幅したp53遺伝子のアガロースゲル電気泳動(Gel:3% Agarose 21 , Buffer:1×TAE Buffer , EtBr染色)
PCR産物の電気泳動
  • レーン1 : Marker 5(φX174/Hinc II digest) 0.1µg
  • レーン2 : 毛髪
  • レーン3 : 爪
  • レーン4 : 口腔粘膜(1)
  • レーン5 : 口腔粘膜(2)
  • レーン6 : 綿棒(1)
  • レーン7 : 綿棒(2)
  • レーン8 : ネガティブコントロール
  • レーン1 : Marker 5(φX174/Hinc II digest) 0.1µg

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