ISOPLANT IIトラブルシューティング

トラブル 対策
Solution Iに白い結晶が現れる。 50°C程度の湯浴中で、結晶を完全に溶解した後、内容物が均一になるよう撹拌してから使用する。
Wash Buffer+2-ME添加後の遠心で、植物試料が浮遊していて上清が取りにくい。 植物種によって遠心しても試料が沈殿しない場合があるが、チップの先を溶液に入れ、吸い出す。この際、植物片が溶液と共に吸い出されることがあるが、多少はやむを得ない。
Solution III-A, Bを加えた後の遠心後の上清が濁っている、または着色している。 上清を別のチュ−ブへ移した後、再度Solution III-A 100µl, Solution III-B 120µlを加えて混合し、遠心(14k×g, 4°C, 10分間)を行い、上清を使用する。(†)
エタノ−ル沈殿後の遠心で、DNAが茶色く着色している。 沈殿物に茶色い着色が認められる場合には、再度抽出を行う。その際、抽出操作において以下のことを試してみる。
  • NaBH4処理を行う。(製品添付マニュアルp.4参照)
  • Wash Buffer, Solution Iに2-Mercaptoethanol(製品添付マニュアルp.4参照)を加えていない場合は加える。
  • Wash Buffer+2-MEを植物試料に加えた後、50°Cで10分間インキュベ−トする。
  • 上記(†)を行う。
DNAと異なる白い沈殿が生じた。
  • TEに溶解しない物質である場合は、遠心して上清を使用する。(‡)
  • 抽出操作において上記(†)を試してみる。
DNA沈殿が溶解しない。 4°Cにて一晩または、50°Cにて1時間放置する。ピペッティングしても良いが、得られたDNAが切断されることがある。
収量が少ない。
  • できるだけ新鮮な試料を使用する。
  • 凍結粉砕した試料を使用する。凍結粉砕できない場合には、できるだけ試料を細かく刻む。
  • スケ−ルアップする。
  • Solution II処理時間を長くする。ただし、この場合は、夾雑物の混入も多くなる可能性が高くなることに注意する。
得られたDNA溶液に多量のRNAが混入している。 得られたDNA溶液に添付のRNase Aを終濃度10〜20 µg/mlになるように加えて、37°Cにて30分間反応させる。必要があれば反応終了後フェノ−ル/クロロホルム処理を行う。
得られたDNAを鋳型としてPCRを行ったが、増幅が見られない。
  • DNA溶液が着色している場合には上記(†)を、DNAと異なる白い沈殿が得られた場合は、上記(‡)を試してみる。
  • PCRに用いる鋳型の量を減らすことで(1/10希釈等)PCRの阻害を減らすことができる。
得られたDNAが切断されている。 抽出操作中、DNAの物理的切断を防ぐため、ピペットチップの先端をカットして使用する。

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