| トラブル |
対策 |
| Solution Iに白い結晶が現れる。 |
- 37°C程度の湯浴にて、完全に溶解してから使用する。
|
| エタノール沈殿後の遠心で、DNAが茶色く着色している。PCRに対する影響はあるか。 |
- 沈殿物に茶色い着色が認められる場合には、植物に多く含まれるポリフェノールが混入していることが考えられる。
この物質はPCRを阻害するが、2% 2-Mercaptoethanol(終濃度)を予めSolution Iに加えることで緩和されることがある。
|
| DNA沈殿が溶解しない。 |
- 4°Cにて一晩または50°Cにて1時間放置する。ピペッティングしても良いが得られたDNAが切断されることがある。
|
| マメ科植物のような糖を多く含む試料を用いた場合、ゼラチン状 (透明) のDNA沈殿が得られた。 |
- ゼラチン状 のDNAをTEまたはH2Oにて溶解する。
この溶解液の1/2量のhigh-salt precipitation solution*を添加して良く撹拌した後、high-salt
precipitation solutionと等量のイソプロパノールを添加後、撹拌してイソプロパノール沈殿を行う。添加するイソプロパノールは冷却の必要はない。添加後ただちに10K×g、15分遠心してDNA沈殿を得る。
*high-salt precipitation solution
組成：1.2M NaCl, 0.8M Sodium citrate
|
| 収量が少ない。 |
- できるだけ新鮮な試料を使用する。
- 試料を細かく刻む。(3mm角よりも小さくする)
- スケールアップする。
- 50°Cでのインキュベーション中に数回転倒混和する。
|
| 得られたDNA溶液に多量のRNAが混入している。 |
- 得られたDNA溶液に、添付のRNase A を1µl(終濃度10〜20µg/ml になるように)加えて、37°Cにて30分反応させる。
|
| 得られたDNAを鋳型としてPCRを行ったが、増幅が見られない。 |
- エタノール沈殿を2回行うと改善されることがある。この際には、−20°Cに冷却したエタノールを使用し、ただちに遠心する。
|