ニッポンジーンの制限酵素について

[活性の定義]

　1 unitは、反応混合液50 µl中、1 µgのλDNAを、60分間で完全に分解する酵素活性とする。この条件下で活性検査が困難な酵素については、その都度明記する。

[品質管理]

  1. 夾雑ヌクレアーゼ : 20 unitsの制限酵素と1 µgの基質DNAを5時間反応させて(100-fold overdigestion)アガロースゲル電気泳動を行い、短時間の酵素処理の泳動パターンと同じであることを確認している。
  2. 切断-結合-再切断 : λDNAを4倍量のunitの制限酵素で2時間反応させて切断し、T4 DNA Ligaseで結合した後、再び同じ酵素で切断し、結合の前後で泳動パターンに変化がないことを確認している。
  3. ニッケース : 10〜35 unitsの制限酵素と1 µgの適切なスーパーコイルDNA(例えばφX174RF I、pBR322)を5時間反応後、form II、form IIIへの転換がほとんどないことを確認している(ただし、このチェックは適したスーパーコイルDNAがある酵素についてのみ行っている)。
  4. ホスファターゼ : 20〜200 unitsの制限酵素とp-nitrophenyl phosphateを、48時間反応させ、p-nitrophenolが遊離しないことを確認している。

[添付バッファー]

　制限酵素反応バッファーは、制限酵素1本につき1ml(1本)添付されている。

添付バッファー一覧表
添付バッファー ラベルの色 組成 酵素名
10×L Buffer 黄色
  • 100 mmol/l Tris-HCl(pH 7.9 at 25°C)
  • 100 mmol/l MgCl2
  • 10 mmol/l DTT
 Alw44 I*, Apa I, Kpn I, Mbo II, Nar I, Nci I, Nsp V, Sac I, Sac II
10×M Buffer 水色
  • 500 mmol/l NaCl
  • 100 mmol/l Tris-HCl(pH 7.9 at 25°C)
  • 100 mmol/l MgCl2
  • 10 mmol/l DTT
 Acc II, Age I, Alu I, Ava I, Ava II, Axy I, Dra I, EcoO109 I, EcoR II, EcoT38 I, Fok I, Hae II, Hae III, Hinc II, Msp I, Nhe I, Pvu II, Rsa I, Sau3A I,Sau96 I, Sfi I, Spe I, Stu I, Xba I
10×H Buffer 赤色
  • 1000 mmol/l NaCl
  • 500 mmol/l Tris-HCl(pH 7.9 at 25°C)
  • 100 mmol/l MgCl2
  • 10 mmol/l DTT
 Ase I, Bcl I, Bgl I, Bgl II, BstE II, BstX I, EcoR I, EcoR V, Hinf I, Mlu I, Nco I, Nde I, Not I**, Nsi I, Pst I, Sal I, ScrF I, Sph I, Sty I, Swa I, Xho I
10×A Buffer 紫色
  • 500 mmol/l Potassium acetate
  • 200 mmol/l Tris-acetate(pH 7.9 at 25°C)
  • 100 mmol/l Magnesium acetate
  • 10 mmol/l DTT
 Acc I, Afl II, Bsp1286 I, Fsp I, Sma I, Taq I
10×B Buffer 灰色
  • 1000 mmol/l NaCl
  • 100 mmol/l Tris-HCl(pH 8.5 at 25°C)
  • 100 mmol/l MgCl2
  • 10 mmol/l 2-Mercaptoethanol
 Acc III*, Acy I, BamH I, Bsm I, BssH II, Hha I, Hind III, Ssp I
10×専用 Buffer 白色 各制限酵素の酵素反応条件の10倍濃度 Bal I, Hpa I, Nde II, Nru I, Sca I

　添付の反応バッファーは酵素反応条件の10倍濃度になっている。酵素反応に使用する場合には、反応容量の1/10量(反応容量50 µlの場合、5 µl)を添加する。
*Alw44 I、Acc III、およびSwa Iには1 mg/ml BSAが添付されている。酵素反応の際には、反応容量の1/10量を添加する。
**Not Iには0.1% Triton X-100が添付されている。酵素反応の際には、反応容量の1/10量を添加する。

[制限酵素反応バッファー相対活性一覧表]

　ニッポンジーンでは、5種類の汎用制限酵素反応バッファー(L、M、H、A、B)の中の1種類を用いて制限酵素の活性を測定している(活性測定用バッファー=添付反応バッファー、下記表中では「100」のように下線・青字・太字で示す)。この酵素活性を100%とした場合の、他の反応バッファーによる酵素活性を以下に示した。「(　)」で値が示されているものは、スター活性等の影響を受けやすい反応バッファーを示している。なお、Acc III、Alw44 Iについては、反応バッファーとは別添付のBSA溶液(1mg/ml)を最終濃度0.1 mg/mlになるよう添加して反応を行った。また、 Not Iについては、反応バッファーとは別添付の0.1% Triton X-100を最終濃度0.01%となるよう添加して反応を行った。Bal I, Hpa I, Nde II, Nru I, Sca Iについては、それぞれの専用バッファーを使用した。

制限酵素反応バッファー相対活性一覧表
制限酵素 L M H A B 専用
Acc I
50
75
5
100
5
-
Acc II
(75)
100
10
100
50
-
Acc III
5
10
50
(5)
75*
-
Acy I
5
10
25
5
100
-
Afl II
50
50
5
100
25
-
Age I
(75)
100
10
75
25
-
Alu I
100
100
25
150
25
-
Alw44 I
75*
50
5
50
25
-
Apa I
100
10
5
50
5
-
Ase I
(10)
(50)
100
(25)
100
-
Ava I
10
100
10
25
50
-
Ava II
(75)
100
5
(75)
50
-
Axy I
(100)
100
50
(100)
50
-
Bal I
25
10
5
25
5
100
BamH I
(75)
(100)
75
(75)
100
-
Bcl I
(100)
(200)
100
(100)
200
-
Bgl I
(10)
(50)
100
(10)
25
-
Bgl II
(10)
(75)
100
(50)
(150)
-
Bsm I
(25)
(75)
50
(75)
100
-
Bsp1286 I
75
50
10
100
10
-
BssH II
(50)
50
75
(50)
100
-
BstE II
(25)
(100)
100
(75)
100
-
BstX I
5
75
100
25
100
-
Dra I
75
100
10
50
75
-
EcoO109 I
(100)
100
10
100
50
-
EcoR I
-
-
100
-
(150)
-
EcoR II
5
100
75
75
100
-
EcoR V
(10)
75
100
25
150
-
EcoT38 I
150
100
5
150
75
-
Fok I
(200)
100
5
(200)
100
-
Fsp I
25
100
5
100
50
-
Hae II
100
100
25
75
50
-
Hae III
75
100
100
100
100
-
Hha I
(75)
75
25
(100)
100
-
Hinc II
50
100
50
100
50
-
Hind III
(5)
75
10
(25)
100
-
Hinf I
10
75
100
50
150
-
Hpa I
(25)
(75)
25
(50)
(100)
100
Kpn I
100
50
5
100
5
-
Mbo II
100
75
25
75
25
-
Mlu I
10
25
100
10
50
-
Msp I
100
100
25
100
50
-
Nar I
100
5
5
100
5
-
Nci I
100
50
5
100
5
-
Nco I
(75)
(100)
100
(100)
(150)
-
Nde I
10
25
100
25
100
-
Nde II
5
5
25
5
5
100
Nhe I
(150)
100
5
(200)
10
-
Not I
5
25
50*
10
50
-
Nru I
5
5
75
5
25
100
Nsi I
75
100
100
(75)
100
-
Nsp V
100
50
5
150
5
-
Pst I
(200)
(150)
100
(150)
50
-
Pvu II
(50)
100
5
(50)
5
-
Rsa I
200
100
5
200
50
-
Sac I
100
75
10
100
10
-
Sac II
100
50
5
100
5
-
Sal I
5
5
100
5
5
-
Sau3A I
(100)
100
25
150
50
-
Sau96 I
75
100
50
75
150
-
Sca I
(5)
(25)
25
(5)
(100)
100
ScrF I
(75)
(100)
100
(100)
(150)
-
Sfi I
25
100
5
75
5
-
Sma I
75
10
5
100
5
-
Spe I
(75)
100
10
(75)
75
-
Sph I
(100)
(200)
100
(100)
100
-
Ssp I
(5)
(75)
10
(50)
100
-
Stu I
100
100
50
100
100
-
Sty I
(10)
(75)
100
25
(75)
-
Swa I
<5
25
75
5
75
-
Taq I
25
50
25
100
100
-
Xba I
50
100
25
150
25
-
Xho I
10
50
100
25
150
-

注 : Acc III、Alw44 I、Swa Iについては、BSA溶液(1mg/ml)を最終濃度0.1 mg/mlになるよう添加した場合の酵素活性を100%として、各バッファーによる酵素活性を示した。また、 Not Iについては、0.1% Triton X-100を最終濃度0.01%となるよう添加した場合の酵素活性を100%として、各バッファーによる酵素活性を示した。
(例 : Acc IIIの場合、B BufferとBSA溶液を添加した場合の酵素活性を100%としている。表中のB Bufferの酵素活性の値は、B Bufferのみでの酵素活性はBSA溶液を添加した場合の75%であることを示している。)

制限酵素一覧

制限酵素一覧簡易版(PDFファイルです)

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